陈蒨作为陈霸先侄子即位，是不符合以嫡长子继承为核心的宗法制度的，尽管当时情况紧急，仍有欺人孤儿、寡妇之嫌，颇值得商榷。但年近四十的陈蒨更为成熟老练，经历战争长期的洗礼，深谙乱世斗争之道，事实上比陈昌更适合做这个皇帝，尤其是持续面临东南割据势力的挑战。
王琳败后，陈朝少了一个心腹大患，遂腾出手来除掉那些实持两端之人，留异就是其中之一。留异原是梁朝南郡王萧大连司马，为人狡猾残暴，后归附侯景被任为东阳太守。陈霸先讨王僧辩党时，留异馈赠陈蒨粮食，陈霸先以他为缙州（金华）刺史。
陈霸先嫁陈蒨女儿丰安公主给留异之子留贞臣，征留异为南徐州刺史，留异故意拖延不上任。陈蒨即位后，留异数次派其长史王澌入朝，王澌总说朝廷虚弱，留异深信不疑，虽外示臣节，背地里却与王琳来往。当然，这符合他一贯的做法。
王琳败，陈蒨派左卫将军沈恪替换留异，实则以兵袭击。留异自然看穿了来意，帅众击败沈恪后上书谢罪。当时陈军正在湘州和北周作战，想暂时稳住留异，遂下诏书抚慰。留异知道朝廷终将讨伐他，于是派重兵把守下淮及建德（今杭州建德）一带水路。公元561年十二月丙午，陈蒨正式命司空、南徐州刺史侯安都讨留异。
之前，周迪协助朝廷平定了余孝钦和熊昙朗，陈蒨让他出镇湓城（江西九江），又征其子入朝。周迪一向是坐观成败之人，踌躇未定，并不至。其余南江（江西地区）地方首领，也多不听号令，朝廷来不及一一征讨，只是羁縻笼络而已。豫章太守周敷独先入朝，进位安西将军，陈蒨赏鼓吹一部，赐女妓、金帛，让他风光的返回豫章。
周迪以周敷历来位列己下，内心不平，于是偷偷与留异相结，遣其弟周方兴将兵袭击周敷，不胜。又派侄子带兵埋伏在船中，诈为商人，想偷袭湓城，被寻阳太守监江州事华皎（记住华皎，他的戏份在未来还很长）击败。然一波未平一波又起，闽州刺史陈宝应亦趁乱反。
当初晋安（福州）民陈羽，世代为闽中豪强，儿子陈宝应多权诈，郡中畏服。侯景之乱，晋安太守侯云把位置让给了陈羽（可见千年世家，诚不我欺，到今天陈姓在福建仍占据绝对人数优势），陈羽年老，只治理日常政务，军事这块由陈宝应掌管。不料陈宝应当起了盗贼，数次从海上抢劫临安、永嘉、会稽，有时也载米粟互相贸易，因此能致富强。侯景平，萧绎以陈羽为晋安太守，到陈霸先辅政，陈羽传位于陈宝应。
陈朝宗亲薄弱，陈蒨以陈宝应与自己同姓，拜陈宝应之父为光禄大夫，子女皆受封爵，命宗正编入属籍。而陈宝应娶了留异女儿，与丈人的关系自然好过八竿子打不着的“宗亲”。时逢太子中庶子虞荔弟虞寄在闽中做官，虞荔思之成疾，陈蒨为此想调他到建康，但陈宝应不放人。
虞寄对陈宝应旁敲侧击，暗示他应该归顺朝廷，陈宝应只想做地方豪强，每次都转移话题。陈宝应曾让人读《汉书》，自己卧而听之，讲到蒯通说韩信：“相君之背，贵不可言。”陈宝应猛然惊起，仿佛他的背也未尝不贵，说：“可谓智士！”虞寄说：“通一说杀三士，何足称智！岂若班彪《王命》（再一次暗示陈宝应认清大势），识所归乎！”
虞寄说服不了陈宝应，担心祸及己身，于是穿上居士服，住进东山寺，假称足疾。陈宝应派人烧他房屋，虞寄安卧不动，亲近的人想扶他逃出来，虞寄说：“吾命有所悬，避将安往！”放火的人被虞寄的真诚和无畏所感，转而灭火救人。
至此，留异、周迪、陈宝应三人结成反陈同盟，战事拉开帷幕。
公元562年二月丁丑，陈蒨以安右将军吴明彻为江州刺史，统领黄法氍、周敷共讨周迪。九月，吴明彻攻周迪不克，陈蒨以陈顼（已被北周放回来了）代为将兵。另一边，侯安都出乎留异预料，避开正面的钱塘，走步道从诸暨绕到永康，抄他后路。留异大惊，逃往桃枝岭（缙云县）继续抵抗。侯安都被流矢射中，血流到脚踝，依然乘车指挥，神色不变。
侯安都利用山区地形做堰塞湖，碰上下雨涨水，侯安都军乘船入堰，舰楼与留异的城同等高，发拍（一种攻城器具）击碎其城楼。留异与儿子留忠臣脱身投靠依陈宝应，妻子及余下的儿子被侯安都俘获。公元563年正月甲申，周迪众溃，也逃往晋安依陈宝应。
虞寄见陈宝应接纳叛贼，写了十事谏他，表示陈氏是天命所在，反对的人无不败亡，又朝廷宽厚得人，不计前嫌，希望他早日北面称臣，可保富贵。陈宝应看完信后大怒。有人对他说：“虞公病势渐笃，言多错谬。”陈宝应才解气，加上虞寄民望高，所以优待宽容，没有杀他。（详见本次推送第三篇《虞寄谏闽州刺史陈宝应》）
陈宝应不死心，出兵资助周迪，留异则派儿子留忠臣随军，一同越过东兴岭（江西黎川县）为寇。九月辛未，陈蒨命护军章昭达帅兵讨伐，十一月辛酉，章昭达大破周迪。周迪逃窜山谷，百姓争相藏匿，虽加诛戮，也没人出卖他。章昭达继续进讨陈宝应，陈蒨以余孝顷统帅会稽、东阳、临海、永嘉诸军从东面会合。
公元564年十月，周迪再次入寇东兴，宣城太守钱肃投降，吴州刺史陈详将兵击周迪，不胜，周迪众复振。周敷帅所部出击，至定川（抚州临川区），与周迪对垒。周迪骗周敷说：“吾昔与弟戮力同心，岂规相害！今愿伏罪还朝，因弟披露心腑，先乞挺身共盟。”周敷同意，刚一登坛，就被周迪所杀。周迪真是阴险无信，睚眦必报。
陈宝应占据建安（南平建瓯）、晋安二郡，在水陆两道都竖立栅栏抵御章昭达。章昭达与陈宝应交战不利，遂在闽江上游命军士伐木为筏，放上拍（投石块的战具），趁大雨江涨，放筏冲破陈宝应水栅，又分兵攻击其步军。余孝顷从海路及时赶到，也加入战斗。
十一月己丑，陈宝应大败，逃至莆口（莆田），对儿子说：“早从虞公计，不至今日。”后与留异及其族党，一并被章昭达擒获，送往建康斩首，其门下宾客皆死。留异儿子留贞臣以驸马身份得免。陈蒨听闻虞寄曾谏陈宝应，命章昭达礼送建康。陈蒨见到虞寄，慰劳道：“管宁（以汉末不仕曹魏的管宁喻虞寄）无恙。”拜为衡阳王掌书记。
此时，三头同盟还剩周迪一人，公元565年七月，陈蒨派都督程灵洗走鄱阳别道进攻。周迪从开始起兵就一直挨打，这次又被程灵洗击败，与麾下十余人逃进山洞。时间久了，随从们都觉得日子太苦，周迪遂派人潜入临川买鱼改善生活，不料被临川太守骆牙抓住。骆牙让买鱼的人擒周迪赎罪，派腹心勇士跟随入山。买鱼的人诱周迪出洞打猎，勇士埋伏在路旁，将其斩杀，传首建康。
到这里，陈蒨完成了平定陈境的使命，生命也随之走到了尽头。公元566年四月癸酉，陈蒨去世。陈蒨从艰难的环境中成长起来，知民间疾苦，生性明察俭约，勤于政事，每晚通过小门递送奏启的人络绎不绝。他下令晚上报更的人，投签时一定要扔到台阶上，让它发出清脆的响声，说：“吾虽眠，亦令惊觉。”也许陈蒨44岁就去世，和长期睡不好有关吧。
侯景之乱击碎了南方朝廷的权威，导致地方割据势力抬头，陈朝费尽力气才将他们消灭，维持了南方的统一。从结果上看，陈蒨是一位极其优秀的守成之主，保住了陈霸先的基业（杀侯安都也十分关键），没有浪费他的才智和生命，将其全部贡献给了摇摇欲坠的南方政权，死后谥号“文”便是对他励精图治的最大认可。
最后看造反三人组。陈宝应有一“虞寄”而不能用，周迪因吃鱼导致被杀，留异更是造亲家的反，他们和“智谋”二字是不沾边的，所以前后不到四年即败。人生后悔之事十八九，陈宝应等，终究是侥幸的赌徒罢了。
